Deux parcelles exploitées en pâture sont figurées sur le cadastre parcellaire de 1842. En 2024, l’île apparaît divisée en cinq parcelles pour une surface totale de 12 967 m2.

En 1943-1944, l’île est intégrée au Mur de l’Atlantique : cinq bunkers sont construits par l’Allemagne nazie pour protéger l’Aber Wrac’h d’un débarquement amphibie allié.

Numéroté "A 35", cet ensemble fortifié se compose, d’un bunker - poste d’observation et de tir dit Tobruk-Stand, d’un bunker - casemate de type 505 pour canon antichar de 3,7 cm (numéroté "A 35/22" ; équipage théorique de 6 soldats), d’un bunker - casemate de type 634 avec cloche blindée pour mitrailleuse (numéroté  "A 35/23" ; équipage théorique de 9 hommes), d’un bunker - casemate de type 623 avec créneau blindé pour mitrailleuse (numéroté "A 35 /24" ; équipage théorique de 6 soldats) et d’un bunker - abri, variante allégée d’un type 668 en construction de campagne renforcée (numéroté "A 35/25/28" ; équipage de 6 hommes ?). La garnison peut être estimée à une trentaine de soldat.

Cet ensemble fortifié forme avec ceux de Énez Terc’h nommés Stützpunkt Plouguerneau (ensembles fortifiés "A 32" au nord et "A 45" au sud) et de l’Île Cézon (ensemble fortifié "A 36"), le point d’appui lourd nommé Stützpunkt Aber Wrac’h. Un filet anti-torpille, supporté par des bouées, était tendu entre Énez Vihan et Énez Terc’h afin de protéger les navires allemands présents dans le port de l’Aber Wrac’h.

Comme partout ailleurs, les bunkers ont rapidement été pillés après la Libération.

Une opération de déminage et de désobusage a été réalisée dans l’île (elle a eu lieu en 1946 à Énez Terc’h).

Les bunkers ont ensuite vu leurs portes et autres éléments en acier comme la cloche à six créneau de type 20P7 pour mitrailleuse du bunker de type 634 (25 cm d’épaisseur pour un poids de 42 t), découpés au chalumeau et récupérés par des ferrailleurs.

Une parcelle de Énez Vihan appartient au Conservatoire du littoral, les quatre autres parcelles sont privées.