L’eau purifiée, c’est-à-dire déminéralisée ou déionisée sert à remplir les accumulateurs électrochimiques. Si les électrodes sont à base de plomb, l'électrolyte ou solution conductrice est un mélange d'eau déionisée et d'acide sulfurique. Dans la centrale électrique se trouvait un appareil électrique pour distiller l’eau servant aux accumulateurs des sous-marins nazis. Après la Seconde Guerre mondiale, la production d’eau déionisée se poursuit ce qui nécessite l’installation de bouilleurs en 1946.

Le local dédié à la déminéralisation de l’eau est mentionné sur un plan de 1965 de la Direction des constructions et armes navales mis à jour en 1979. Il a la particularité d’avoir conservé l’intégralité de ses équipements depuis la fermeture de la base de sous-marins de Keroman en 1997. Les consignes de sécurité au travail et les instructions pour un cycle complet de production d’eau déminéralisée sont d’ailleurs encore affichées sur les murs.

La station de déminéralisation de l’eau abrite un système de déionisation à deux chambres : l’une contenant une résine cationique (fortement acide) capable d'échanger les cations de l'eau par des ions H+ et la seconde contenant une résine anionique (fortement basique), capable d'échanger les anions de l'eau par des ions OH-. L'eau de ville circule d’abord dans la colonne cationique, puis l’eau décationisée s'écoule dans la colonne anionique. A la fin du processus, la pureté de l'eau est évaluée par sa conductibilité ou résistance électrique et par la recherche de chlorures pour éviter le phénomène de corrosion. Une fois traitée, l’eau déionisée est stockée dans des cuves vraisemblablement situées au-rez-de-chaussée (l’une d’elles a une capacité de 30 m3).