D’après M. Tranchant, Crozon a abrité un port médiéval, qu'il localise de manière approximative près de la plage de l’Aber. L’auteur signale trois autres ports voisins, celui de Camaret, de Roscanvel et de Lanvéoc (Tranchant 2017 : 98). Le port de Crozon est attesté dès le VIe et fonctionnerait au minimum jusqu’au XIIIe siècle. Sa localisation précise reste aujourd’hui inconnue.

Plusieurs vestiges archéologiques sont présents à Crozon, notamment un dépôt de l’âge du Bronze à « Lesquiffinec » et une stèle de l’âge du Fer à « Ar Men Bris », dans le bourg actuel. Plus au sud, près de la plage et de la pointe de Morgat ont été mis au jour d’autres dépôts, l'un daté de l’âge du Bronze et l'autre de l’Antiquité (dépôt monétaire romain). L’île de l’Aber est occupée par « un habitat fortifié protégé du côté de la terre par un épais rempart », supposé dater de l’âge du Fer (Galliou 2010 : 177). Elle est située plus à l’est du bourg actuel, et forme une pointe accessible à pied lors des marées basses.

Les vestiges archéologiques à Crozon témoignent d’une occupation dense durant l’Antiquité.  Plusieurs lingots de plomb ont été identifiés à hauteur de ce qui semble correspondre à un ancien site de production salicole, à la pointe de Raguenez qui fait face à l'île de l'Aber. Plusieurs lingots ou encore des silex et blocs de calcaire ont été repêchés du ruisseau de l’Aber. Ils laissent supposer la présence d’une ancienne zone de délestage de navires à l’époque antique (Galliou 2010 : 177).

Juste en face, près de la pointe de Raguénez, ont été mis au jour des vestiges antiques. Il s’agit de tegulae, de briques, de verre qui semblent indiquer la présence d’une exploitation du sel. Une voie antique reliant Châteaulin à Crozon, traverse l’ensemble de la commune et n’est située qu’à 1 km environ du rivage actuel, le long duquel ont été perçus ces vestiges. Le long de cette voie et en arrière de la plage de l’Aber, une motte castrale médiévale est établie à Rozan, sur un îlot rocheux qui s’avance dans l’ancien estuaire de l’Aber et le domine.