Aucun port antique ou médiéval n’est mentionné dans les écrits, et aucun vestige archéologique allant dans ce sens n’a, à ce jour, été identifié à Saint-Jean-Trolimon. Toutefois, les communes limitrophes de Saint-Jean-Trolimon et de Plomeur témoignent d’une dense occupation à vocation domestique, funéraire mais également cultuelle depuis l’âge du Bronze jusqu’au Moyen Âge, et dont la plus significative date de l’âge du Fer et de l’époque romaine. Cette dernière se situe à Tronoën, dans un petit village distant de 1,5 km du rivage actuel, installé sur un léger versant, à 25 m NGF, qui descend en pente douce jusqu’à l’Océan. Ce vaste site qui s’étend sur près de 25 ha, autrefois qualifié à tort d’oppidum (ou de ville fortifiée gauloise) ou de poste militaire romain, correspond est en réalité à un sanctuaire de l’âge du Fer auquel succède un temple romain (Galliou 2010 : 419). Les fouilles réalisées de manière peu méthodique au XIXe siècle rendent la compréhension du site particulièrement complexe, toutefois le mobilier recueilli renseigne sur une fréquentation du site dès le Ve siècle av. J.-C. jusqu’à la fin de l’époque romaine, voire jusqu’au Moyen Âge. Ces vestiges sont associés à de nombreux éléments d’habitat tant pour la période gauloise que romaine, ce qui interroge sur le statut du site. Finalement, ces indices cumulés à la densité de l’occupation sur un temps long (de l’âge du Fer au Moyen Âge) ne permet pas de trancher entre un sanctuaire isolé (gaulois puis romain) et un espace religieux intégré à un habitat aggloméré durant ces deux périodes.

Ajoutons qu’à 600 m environ, le lieu-dit de Kerveltré abrite un espace funéraire laténien constitué de « cinq stèles cannelées […] dont l’une portait six cupules » (Galliou 2010 : 417). Malheureusement, elles ont été détruites vers 1870 lors de travaux qui avaient aussi permis de dégager une vingtaine d’urnes cinéraires ainsi que plusieurs squelettes associés (Galliou 2010 : 419). Des fouilles ont été entreprises sur ce site au XIXe siècle par Paul du Chatellier. De nombreux objets de parure ainsi que des bâtiments ont été mis au jour et semblent presque tous dater d’une période comprise entre le VIe et la fin du IVe siècle av. J.-C. (Galliou 2010 : 418).

Une voie antique reliant Quimper au village de Tronoën arrive par le nord de la commune. Plusieurs dépôts datés de l’âge du Bronze et des stèles de l’âge du Fer sont recensés le long de cet axe routier. En longeant cette voie, plus au sud, un dépôt de l’âge du Fer et un cimetière médiéval sont signalés sur la commune de Plomeur, vers Kerharo, réaffirmant encore une fois la forte emprunte laissée par les populations passées sur ce site.