La Roche-Bernard s'est développée le long du cours de la Vilaine, sur sa rive gauche, en amont du barrage d’Arzal – qui a dû en modifier les conditions hydrodynamiques –, sur un plateau avoisinant les 40 à 50 m d'altitude NGF. Ce dernier est principalement composé de granite, avec un filon de quartz qui traverse de part et d'autre la Vilaine. De l'autre côté du fleuve, le socle est également constitué de granite et d'un filon de quartz. Le petit ruisseau qui est situé en contrebas de la butte du Fort, ou lieu-dit de l'Ancien Pont, a été comblé au fur et à mesure par des coulées de solifluxion. Il s'agit là de dépôts boueux qui ont entamé une descente des versants lorsque leur teneur en eau était trop forte. Ce phénomène est très graduel voire même parfois imperceptible, et s'est effectué sur plusieurs siècles. L'altitude dans cette zone n'est pas très élevée puisqu'elle avoisine les 8 m NGF au maximum. Elle est surplombée par deux promontoires rocheux, qui enserrent ce secteur en retrait, et le protège. Les pentes sont majoritairement carrossables et praticables surtout près du littoral.

La modélisation informatique des conditions favorables à l’implantation portuaire, réalisée d’après une série de critères naturels (géographiques, topographiques et météorologiques), ne s’est pas avérée très concluante pour le secteur de La Roche-Bernard. En effet, les rives de ce secteur apparaissent comme faiblement favorables à l’implantation portuaire, ce qui apparaît contradictoire avec l’étendue du port de plaisance actuel, mais également avec l’emplacement du vieux Port, aussi nommé port du Rodoir, niché dans l’anse aux pieds des « Rochers du Ruicard ». Sans doute que le relief très escarpé, qui en fait une anse difficile d’accès, a faussé le résultat de cette modélisation. Il est d’ailleurs probable que ce soit cet aspect enclavé qui ait conditionné l’implantation du port médiéval et le développement de la ville.