La reconstruction de l’église du Bodéo a été rendue possible grâce à la prospérité économique liée à l'activité toilière, se manifestant notamment à travers les dons effectués par les paroissiens à leur église qui permettent la concrétisation du projet. Les comptes de fabriques témoignent de l’engouement suscité par le projet de reconstruction avec d’importants dons, qui atteignent 100 livres en 1700. La concrétisation du projet est permise grâce à une gestion des fonds de la paroisse au moyen d'une accumulation du trésor de fabrique, afin d’atteindre une réserve de 1 541 livres en 1703. Un processus qui se répète en 1723 pour la peinture de la voute. Une succession de chantiers au sein de l’édifice qui reflète un contexte économique particulièrement favorable au début du 18e siècle, dynamisé par la bonne tenue du commerce toilier. Le chantier fait ressortir l’importance décisionnelle du milieu marchand au sein du général de paroisse par le recours à un architecte malouin. En effet, les marchands de toiles du Bodéo, comme ceux de la manufacture, sont en contact direct avec les négociants-armateurs de Saint-Malo, eux-mêmes en relation avec les ingénieurs du roi qui travaillent dans la cité portuaire à l’édification d’ouvrages militaire, d’hôtels particuliers et autres maisons de campagne. L’influence des marchands transparait aussi par le choix d’un député (paroissien chargé d’assurer la bonne conduite des travaux), issu du milieu marchand, lors de la peinture des lambris.

L’église est reconstruite en 1705 sous la direction de l’architecte malouin Jean Soulié, « architecte entrepreneur des travaux du Roy ». Le chantier est bien connu grâce à deux devis rédigés en 1705. L’église est reconstruite du fait du mauvais état de l’édifice initial, certaines parties risquant de s’écrouler. Seule la chapelle du transept nord, construite en 1667, est conservée. Sur son mur ouest, se trouve un blason frappé d'une croix dentelée et l'inscription suivante : « MA PEROT Rr (Recteur) DU BODEO FFC (Fait faire cette) CHAPELLE 1667 ». Le nouvel édifice est plus grand que l'ancien sanctuaire, pour répondre aux besoins d’une population grandissante. La nef est élargie à 19 pieds et le chœur de plan octogonal est allongé de 15 pieds. La sacristie est remaniée pour adapter sa largeur à celle de la chapelle sud, à laquelle est accolée. Les plans prévoient la construction d’un clocher-porche à l’ouest, couronnée par une flèche en charpente. Le clocher resonne avec les origines malouines de l’architecte par la silhouette du clocher, dont la forme est influencée par le style dépouillé des ingénieurs du roi. Cette influence malouine se manifeste également dans les canons symboliques placés aux angles de la plate-forme, ils semblent inspirés par le décor du collatéral nord de la cathédrale de Saint-Malo. Enfin, l’église est percée de dix baies en plein cintre et couverte d'une toiture en ardoises avec faitage en lignolet. Le plan de l’église est complété par une chapelle des fonts au nord de la nef, qui communique avec le reste de l’édifice par une arcade. Un porche est ajouté au sud de la nef en 1709. En 1783, la flèche du clocher est reconstruite en pierre. L’église garde dans ses pierres des traces de l’ancien édifice par la réutilisation de matériaux, perceptibles sur les pierres du clocher marquées de percements. Mais aussi, dans la chapelle des fonts dont une ouverture au linteau trilobé se distingue du reste de l’édifice.

La peinture de la voute lambrissée de l'église est réalisée entre 1724 et 1726, par le peintre Jean-Baptiste Le Corre, dit Dupont de Pontivy. Le marché est conclu entre le marchand de toiles Jean Collin (sieur du Petit-Bois), député du chantier et le peintre. Ce chantier s’inscrit au cœur d’une période d’intense production de lambris peint dans le Centre-Bretagne, entre la fin du 17e et le 18e siècle. La famille Le Corre est alors une dynastie de peintres particulièrement prolifique, dont les membres se font surnommés « Dupont ».  Le travail de Jean-Baptiste Le Corre au Bodéo illustre, par ses choix iconographiques, les orientations pastorales issues du Concile de Trente. Ces nouvelles orientations liturgiques ont un impact sur la décoration de l’églises en insistant sur le fait que ce lieu est la maison de Dieu et une étape vers le paradis. En ce sens, les lambris de la voute se font vecteur de ces idées par une représentation du ciel, ponctué d’angelot, dans lequel s’inscrivent plusieurs saints. La représentation de plusieurs saints sur la voute et de la Vierge dans l’abside du choeur, rappelle la volonté de l’Eglise catholique de réaffirmer leur rôle d’intercesseur et la légitimité de leur culte.